Niestety piszą o tym tylko po rosyjsku:
https://www.mql5.com/ru/forum/167394
Bazując na tym co mówi tłumacz google, to przyczyna jest nieznana, a rozwiązaniem jest ustawianie tego timera w pętli dopóki zaskoczy (lub przynajmniej kilka razy).
W jakimś innym wątku trafiłem na info, że to może być problem z zasobami sprzętowymi, ale wątpię, żeby przy 100% wykorzystaniu procesora Twoim zmartwieniem był timer w EA.
Możesz spróbować w deinicie wywołać funkcję EventKillTimer() (powinna się automatycznie wywoływać, ale stawiam, że z jakiegoś powodu się nie wywołuje i stary timer przeszkadza nowemu). Może nawet spróbuj ją dać w inicie przed ustawieniem timera. Wszystko co ma kill w nazwie brzmi jak rozwiązanie problemu.